まず、Cydiaから次のリポジトリを追加します。
http:ftp.sident.net/cydia/
(SBStayHereをインストールするのに必要)
http://hitoriblog.com/apt/
(TimeServerClient、StatusBarCustomClock4をインストールするのに必要)

また、SectionのRepositoriesのところからiSpazioを追加しておく。
(KeepAWakeをインストールするのに必要)

では、ぼくが愛用しているJBアプリを紹介していきましょう。
PDF Patch
これは前回インストールしましたね。JBに使われるセキュリティホールを塞ぐアプリです。JBしたらすぐにこれを入れる事。
afc2add
MacやPCからUSB接続でiPhoneの中身をブラウズするソフト(PhoneViewやiPhone Diskなど)を使う時、本来なら見える筈のRootフォルダなどが見えない場合があります。その症状が出たらこのパッケージをインストールするとちゃんと中身が見えるようになります。
MobileTerminal
ターミナルのiPhone版。iPhoneでターミナルコマンドを使う場面はそんなにないと思いますが、OpenSSHを入れる時にRootやMobileのパスワードを変更するのに使います。
CydiaにあるMobileTerminalはOS 4に対応していないので下記アドレスから対応版をダウンロードして、この後で紹介するiFileを使ってインストールします。
http://www.funkyspacemonkey.com/mobileterminal-officially-updated-ios-4
OpenSSH
iPhoneにSSH接続できるようになる。初期のログインパスワードは全iPhone共通なので、OpenSSHを入れた瞬間、誰でもあなたのiPhoneにアクセス出来るようになってしまいます。前述のMobileTerminalからすぐにパスワードを変更するか鍵認証でしかログインできないようにする必要があります。
便利ですがセキュリティリスクを考えるとあまりお勧めはしません。
SBSettings
JBする最大のメリットと言ってもいい定番中の定番。ステータスバーをすりすりすると出てくるサブウインドウからいろんな設定ができます。例えばWi-FiやBluetoothのオン/オフがワンタッチで出来たり、画面の明るさをアプリを終了することなく調整できたりします。アドオンでいろいろ機能(トグル)を追加できるのですが、ぼくが使ってるトグルはこれ。
Autolock SBSettings
自動ロックをオン/オフします。画面が消えてしまうのがうっとうしい時に。
SBSettings VPN Toggle
VPN接続をオン/オフ。VPNサーバーを使ってる人には便利。
FastNoteJ
いつでもどこでもメモできるFastNoteというトグルが標準で付いているんですが、日本語が保存されない不具合があるので、それを修正したものがこれ。
KeepAwake
画面はスリープしてても、Wi-Fiの接続が切れないようにする。ダウンロードとか時間のかかるネットワーク処理をする時に便利。
SB Stay Here
大抵のアプリでは、ステータスバーをタップすれば画面のトップへ一瞬でスクロールして戻ることができるのですが、SBSettingsのステータスバーすりすりした時にもタップと見做されて意図せず画面がトップに戻ってしまうことがあるんです。Safariとかでかなり長いページの下の方を読んでた時なんかに画面スクロールが暴発するとうわーってなるんですけど、これ入れておけばタップした時にだけスクロールが発生するので、すりすりで暴発することがなくなります。
Activator
SBSetingsを入れると自動で入ります。いろんなジェスチャーにアプリや機能を割り当てられます。すりすりでSBSettingsというのも設定で他のジェスチャーに変えられます。ホームボタンダムルクリックでタクススイッチャーが開きますが、物理ボタンを酷使したくないという人は画面下から上へすいっとなぞるジェスチャーを割り当てるといいかも知れません。
iFile (有料)
これもJB定番中の定番。iPhoneの全ての領域にアクセスできるファイルブラウザ兼ビューアー。App Storeアプリでもこういうのはたくさんありますけど、普通のアプリだとそのアプリに割り当てられた領域にしかアクセスできません。全領域にアクセスできるのがJBアプリの利点。もちろん必要なファイルを消してしまうリスクもあるので注意して使う必要がありますが、JBしたら必ず持っておくべきアプリです。WebDAVサーバー化してMacやPCとファイルをやりとりしたり、Bluetoothを使って他のiPhoneとファイル交換できるのも便利。
Flashlight
フラッシュライトの付いたiPhone 4ならいいんですけど、3GSなぼくには必須。画面全体を白くしてライト代わりにするってだけのアプリです。App Storeのアプリでも同じようなのがあるけど、Appleが許可してない明るさにできるところがミソです。
AttachmentSaver (有料)
Safari Download Manager (有料)
メールの添付ファイルをダウンロードする機能拡張とSafariのダウンロード機能を有効にする機能拡張。
標準で付けとけよって感じの機能ですが、JBしないとできないんですねぇ。
StatusBarCustomClock4
ステータスバーに日付けとかフリーメモリーを表示する機能拡張。曜日感覚とか日付感覚の希薄なぼくみたいな人間は今日が何日で何曜日なのかが常に見えてないと不安になるのだ。
Status Notifirer fix
ステータスバーに着信やメール、SMSなどのお知らせをアイコンで表示する機能拡張。ステータスバーに表示するってことはロック画面でも見えるので、ポケットから取り出してサッと未読メールや不在着信があったことを確認できるのが便利。上記「StatusBarCustomClock4」と一緒に使うとステータスバーが情報だらけでごちゃごちゃしちゃうんですけどね。
LocInfo (有料)
ロック画面にカレンダーや各種お知らせを表示してくれる機能拡張。プラグインもいろいろあります。ぼくが使っているプラグインはこちら。
Lock Weater Plugin
今日の天気と週間天気を表示します。
Things for LockInfo
Thingsというタスク管理アプリの情報を表示します。
Action Menu
Action Menu Plus Pack (有料)
コピー&ペーストを拡張し、コピーしたクリップボードの履歴を残したり定型文書を登録したりなんかいろいろできる。履歴が溜まりすぎると重くなったりするので古い履歴は定期的に消した方がいいです。最新10個だけ残すとか設定できたらいいのに。
Five Icon Dock

ドックに5つのアイコンを置けるようにする機能拡張。5つ置くと窮屈な感じですが、アイコンをカスタマイズすることですっきりしますよ。ちなみにFiveシリーズは他にもいろいろあって、Spring Board全体を5×5にすることもできます。
WinterBoard
アプリアイコンやなど見栄えをカスタマイズする機能拡張。アプリフォルダの中のファイルを直接書き換えることでアイコンの変更は出来るのですが、WinterBoardを使えば元ファイルに変更を加える事なく簡単にカスタマイズできます。簡単とは言ってもそれなりの手順は踏まないといけませんが。Cydiaの中に膨大な数のテーマがアップされているのでお好みのものをダウンロードして適用させるだけでも楽しめるでしょう。ぼくはSafariやメール、写真などのアプリを変更したり、Softbankのキャリア名を小さいロゴマークに変更してステータスバーのスペースを確保するのに使っています。前述のStatus Notifirer fixをインストールすればこれも一緒にインストールされます。
SnapTap (有料)
ボリュームボタンをカメラのシャッターボタンにする機能拡張。片手でも撮影できるので大変重宝してます。
Snappy (有料) 2010/11/18追記
ロック画面だろうがアプリ起動中だろうが、さささっとカメラを起動して写真を撮ることができる。かつてはAppleの仕様でExif情報が保存出来なかったり不安定になることもあったので長らく使ってなかったのですが、久々に再インストールしてみると、Apple純正のカメラ機能が呼び出されるようになっていてExifもきちんと保存されるし、動画も録る事ができるようになりました。カメラアプリをタップして起動するより遥かに速いしこれはお勧め。
3G Unrestrictor (有料)
3G回線とWi-Fiで処理を変えているようなアプリに対して、Wi-Fiだと思い込ませて処理させることができます。例えばYouTubeの画質は3Gだと劇的に汚くなりますがWi-Fiだと認識させれば高画質で観られます。またApp Storeの20MBまでのダウンロード制限もなくなります。
Cyntact (有料)
連絡先の一覧には普通名前しか表示されませんが、これを入れると名前の横に顔写真が出てパッと見て判断しやすくなります。地味だけど手放せなくなる機能拡張です。
TimeClientServer
iOS 4になってからようやく時刻補正処理が入るようになりましたが、あまり積極的に時間を合わせてくれません。また環境によっては日本時間に設定していても9時間ずれてしまう不具合が起きることがあり、自動補正をオフにせざるを得ない場合があります。そんな時に役に立つのがこれ。設定した時間毎に時刻補正をしてくれます。常に正確な時間を知る必要がある人には必須。
SwitcherPlus 2010/11/18追記
ロック中にタスクスイッチャーを呼び出せたり、タスクスイッチャー内にお気に入りアプリを常に表示するようにしたり、iPod再生中はiPodコントロール画面を優先的に表示させたりできる。
SwitcherMod
純正タスクスイッチャーは起動中のアプリと起動履歴とが一緒くたに表示されるのでいまいち使い勝手がよくありません。これは履歴を半透明で表示することも完全に消す事もできるのでお好みの使い方ができます。また、純正だとアイコンを長押ししないとタスクを消すことができませんが、これだとタスクスイッチャーを表示させた瞬間から×マークが付いているので手間をかけずにタスクを終了させることができます。
MultiCleaner (有料) 2010/11/18追記
SwicherModから乗り換えました。タスクスイッチャーの振る舞いをかなり細かくカスタマイズできます。起動中でないアプリを非表示/半透明化する・起動中アプリを前列に表示させる・アプリ一括終了・起動中アプリをバックグラウンドにまわすことなく終了させる、などなど設定できる機能は多岐に渡ります。iPodayさんのブログに詳しく説明が載っています。
MyWi (有料)
日本では許可されてないテザリングができるようになる。多くの帯域を占有する事はまわりのユーザーの迷惑になるだけでなく、規制の対象になったり膨大な通信料を請求される恐れもあるので、自己責任で使ってください。
テザリングを有効にする手段は他にもいろいろあって、TetherMeというアプリではiOS純正のテザリングを使えるようにしてUSBまたはBluetoothで接続できるようになります。純正なので安定動作しそうですが、MyWiの場合はWi-Fiで接続できるので機器側の設定が楽というメリットがあります。
Backgrounder
マルチタスクを可能にする機能拡張。iOS 4から純正でマルチタスクが使えるようになったのでお役御免かと思いきや、なんでもかんでもバックグラウンドにまわってどんどんメモリを食い潰して行く純正マルチタスクはメモリの少ない3GSにはちょっと使い辛い存在。そこでBackgrounderを使ってバックグラウンド動作するアプリを明示的に指定してやります。バックグラウンドで動作させたいアプリが起動している時にホームボタン長押しでバックグラウンド化オン/オフを切り替えます。常にバックグラウンド化を有効にしておきたいアプリは事前に設定しておくことが可能。これでバックグラウンドにまわしたいアプリとその必要のないアプリを使い分けることができ、メモリの消費量を抑えることができます。
RemoveBG
同時に起動しているアプリがたくさんになってきて、1つずつ終了させるのが面倒って時に1発ですべてのアプリを終了させることができます。メールや電話など、終了させたくないアプリを設定することも可能。
KillBG 2010/11/18追記
アプリを一括終了するトグル。ぼくはアクティブでないアプリをMultiCleanerを使って半透明表示させて起動履歴として使っているのですが、RemoveBGだとこの履歴も含めて綺麗さっぱり消えてしまいます。それはそれで使いどころはあるんですが、通常はKillBGを使ってアプリの終了だけで履歴は消さないようにしてます。
ぼくが普段使ってるのはこんなところです。とくに問題なく動作するのを確認したら最後にiTunesに繋いで純正App Storeのアプリたちを同期していきます。アプリ自体はこれでiPhoneに戻りますが、バックアップからの復元を使わない限り各アプリの設定は戻りません。そこで前回AppBackupからバックアップした設定をリストアします。
CydiaからAppBackupをインストールした後、前回バックアップしたAppBackupフォルダを/var/mobile/Library/Preferences/の中に戻します。
それだけだとAppBackupを立ち上げた瞬間に落ちるという現象が起きます。原因はAppBackupフォルダの所有権、アクセス権にあります。フォルダ内の各ファイルの所有権とアクセス権を下記の通り変更します。変更にはiFileやMobileTerminalを使います。
AppBackupフォルダとその中にあるtarballsフォルダ
→ユーザー: 読み、書き、実行 グループ: 読み、実行 その他: 読み、実行
backuptimes.plist、debug.logおよびtarballsフォルダ内のすべてのファイル
ユーザー: 読み、書き グループ: 読み その他: 読み
ユーザー、グループ共に所有権をmobileにする。
これでAppBackupアプリが起動できるようになります。起動したらあとはAllボタンまたは個々のアプリ名をタップした後Restoreを選ぶだけ。
あとは連絡先やスケジュール、メモなどをiTunes経由で同期すれば全て元通り。「復元」使えばもっと楽なんですが、JBを使っていてどうも安定しないという場合、特にOSのメジャーアップデートによる古い初期設定とのコンフリクトなんかが起こる場合はこうしてクリーンインストールして手作業による復元をしてみるといいですよ。パソコンのOSと一緒ですね。
ほぼ自分用のポストでしたが、少しでも参考になれば幸いです。